২০০৭ সালে আওয়ামী লীগ সমর্থিত সামরিক শাসন জারি হলে তারেক রহমানের বিরুদ্ধে প্রতিশোধমূলক ব্যবস্থা নেওয়া হয়। সে সময় দায়িত্বশীল সরকারি কর্মকর্তাদের বক্তব্য অনুযায়ী, তত্ত্বাবধায়ক সরকারের শীর্ষ পর্যায়ের নির্দেশে দুর্নীতি দমন কমিশনসহ বিভিন্ন দপ্তরকে তার বিরুদ্ধে মিথ্যা মামলা দিতে বাধ্য করা হয়। একই সময়ে বেগম খালেদা জিয়াকে দেশত্যাগে বাধ্য করার কৌশলের অংশ হিসেবে তাকে গ্রেপ্তার ও নির্যাতন করা হয়। পরে উন্নত চিকিৎসার জন্য তাকে বিদেশে যেতে হয়।

২০০৯ সালে তিনি বিএনপির সিনিয়র ভাইস চেয়ারম্যান নির্বাচিত হন এবং দল পুনর্গঠনের কাজে সক্রিয় হন। ২০১৮ সালে তার মা, তিনবারের সাবেক প্রধানমন্ত্রী বেগম খালেদা জিয়া, মিথ্যা মামলায় কারাবন্দী হলে তাকে দলের ভারপ্রাপ্ত চেয়ারম্যান হিসেবে দায়িত্ব দেওয়া হয়। সেই থেকে তিনি শেখ হাসিনার সরকারের বিরুদ্ধে গণতন্ত্র পুনরুদ্ধারের আন্দোলনে নেতৃত্ব দিয়ে আসছেন।

ব্যক্তিগত জীবনে তারেক রহমান ১৯৯৪ সালে সাবেক নৌবাহিনী প্রধান ও দুইবারের মন্ত্রী প্রয়াত রিয়ার অ্যাডমিরাল মাহবুব আলী খানের কন্যা ডা. জোবায়দা রহমানকে বিয়ে করেন। ডা. জোবায়দা রহমান একজন কার্ডিওলজিস্ট এবং তিনি ঢাকা মেডিকেল কলেজে পড়াশোনা করেছেন। তাদের একমাত্র কন্যা জাইমা জারনাজ রহমান।