মসজিদটি তিন গম্বুজবিশিষ্ট, এর সামনের বারান্দায় রয়েছে আটনি স্তম্ভ এবং তিনটি প্রবেশদ্বার। সামনের চত্বর দেয়ালঘেরা। চত্বরে প্রবেশের জন্য দুটি প্রবেশপথ আছে। চত্বর দেয়ালের উচ্চতা এক মিটার। মসজিদের আয়তন দৈর্ঘ্যে ২১.৫ মিটার এবং প্রস্থে ১৬.৬ মিটার। মসজিদের উচ্চতা ১২ মিটার। মসজিদের পূর্ব পাশে চারটি স্তম্ভের ওপর প্রতিষ্ঠিত একটি ঝুল বারান্দা ছিল। ২০০০ সালে বাংলাদেশ সরকারের প্রত্নতত্ত্ব বিভাগ মসজিদের মূল অবকাঠামো সংস্কার করে। এ সময় ধ্বংসপ্রাপ্ত বারান্দা সংস্কার করা যায়নি। তবে তার কিছুটা ধ্বংসাবশেষ এখনো টিকে আছে।
শতবর্ষী এই মসজিদে এখনো সচল রয়েছে প্রাচীন পাঠশালা। এখনো প্রায় ১০০ শিশু শেখপুরা শাহি মসজিদে কোরআন শেখে। স্থানীয় মানুষের কাছে মসজিদটি শুধু নামাজ পড়ার স্থান নয়, বরং তাদের কাছে শেখপুরা শাহি মসজিদ শিক্ষা-সংস্কৃতির গুরুত্বপূর্ণ স্মারকও বটে। তাই শেখপুরা গ্রামের অধিবাসীদের দাবি, সরকার যেন মসজিদটির প্রতি আরো বেশি মনোযোগী হয়। এটি সংস্কার ও সংরক্ষণে প্রয়োজনীয় ব্যবস্থা গ্রহণ করে।